1993年12月，国务院批准南充地区撤地设市，南充县师范学校即划归南充市直管，并将“四川省南充县师范学校”更名为“四川省南充师范学校”。 二十世纪九十年代末，随着全国各地农村人口大量涌向城市和沿海地区，农村中小学教育规模急剧萎缩，国家教育部开始进行教育结构布局调整，要求三级师范逐步向二级师范过渡。同时，国家对中等师范实行计划内外“并轨”招生制度，学生毕业后国家不包分配，自主择业，双向选择。在时代的大变化中，许多中师转变了办学功能，改办成中学、中专、或与其他学校合并。南充师范虽然是经省市教育主管部门确定保留下来的为数不多的师范学校之一 ，但是，面对教育新形势的挑战，同样遭遇了生存与发展的危机。为了突围解困，做大规模、提升质量，南充师范学校在保留和巩固中等师范教育的基础上，增设了小学教育大专、职业技术教育、国民（成人）教育大专等教育序列。2001年，经四川省教育厅、四川省计划委员会批准，南充师范学校成为具有“五年一贯制”小学教育大专班招生资格的14所学校之一，在办学规格上正式跨入高等教育序列。2002年6月，四川师范学院院长办公会议决定，并报经四川省教育厅备案，同意以南充师范学校为主体，组建“四川师范学院南充初等教育学院”，随着四川师范学院升格为西华师范大学，又更名为现在的“西华师范大学南充初等教育学院”，招收五年一贯制小学教育专业大专班，保留“四川省南充师范学校”校名。截至2008年，南充师范学校已开设小学教育大专、中等师范、职业技术教育、国民（成人）教育大专等四大序列的50余个专业。
1、中等师范教育序列。包括普通师范、普通幼儿师范、双语幼儿师范、艺体幼儿师范、信息技术教育、美术教育、音乐舞蹈教育、英语教育、体育教育等9个专业。中等师范教育序列的各专业，招收初中毕业生，学制均为3年，学生毕业后发给中等师范文凭。
2、大专教育序列。大专序列包括小学教育和学前教育大专，开设了中文与社会方向、数学与科学方向、计算机技术方向、音乐舞蹈方向、普通教育方向、英语方向、幼儿师范方向、体育方向、美术方向等9个专业方向。小学教育、学前教育大专序列的各方向，招收初中毕业生，学制均为5年，学生毕业后发给全日制大学专科文凭，优秀毕业生可享受西华师范大学“专升本”的待遇。
3、职业技术教育序列。包括计算机网络工程、计算机运用与维护、计算机网络系统管理、计算机软件应用技术、计算机信息管理、计算机网络技术、装饰设计与计算机应用、多媒体技术与应用、网页制作与网站维护、平面设计、动漫制作、动漫设计与影视设计、数控专业、数码加工、电脑制图、数控加工与维护工程、机电一体化、模具设计与制造、物流管理、车钳铣刨、电脑机械雕刻、现代办公与文秘、旅游服务与饭店管理、电子商务、装饰装璜、金工专业、市场营销、酒店管理、旅游管理、铁路专业、工业工程管理、影视专业、广告设计与制作、电脑美术设计、广告策划与设计等35个职业技术专业。职业技术教育序列的所有专业，招收初中毕业生的学制为3年，招收高中毕业生的学制为2年，学生毕业后发给职业技术教育中专文凭。
4、国民（成人）教育大专序列。学校与西华师范大学联合开办初中起点的“2+
5、南充市小学教师培训中心。1999年 月，南充市教委批准，在南充师范学校成立南充市小学教师培训中心，两块牌子，一套人马，合署办公，由李祥文校长兼任培训中心主任。2000年，四川省教育厅发文建立“南充市中小学教师培训中心”，因省上只挂一块牌子，而南充市中小学骨干教师市级培训任务又是由南充教育学院和南充师范学校分别承担的，所以，经市教委与省上协商后，将中学教师培训中心设在南充教育学院（现南充职业技术学院），由省上挂牌；将小学教师培训中心设在南充师范学校，保留原来由市教委所挂的“南充市小学教师培训中心”吊牌。在2000—2002年期间，小学教师培训中心先后为全市部分县、市、区中小学和相关单位，开展了小学骨干教师培训班、计算机教师培训班、中小学校长岗位培训班、国营企业管理人员培训班共10期，培训学员500多人。2002年以后，因财政管理体制发生变化，市县（区）两级财政“分灶吃饭”，小学骨干教师的培训基本上都由各县（区）教师进修学校自己承担了。
